Os Conselhos são frequentemente confundidos com instâncias de atendimento em caso de violação de direitos, como quando uma escola ou rede de ensino impede ou restringe o acesso de uma pessoa ou limita sua participação em função da deficiência. No entanto, é preciso esclarecer que não compete aos Conselhos atuar como órgãos de investigação nesse sentido. Cabe a esses órgãos o papel de repassar e acompanhar os casos de violação de direitos coletivos. O Ministério Público (MP) é a instância mais indicada em casos de violação dos direitos.